Im Fall einer Engstelle im Darm (Stenose) können entweder Schmerzen in der betroffenen Bauchregion auftreten, es kann aber auch zu einem Darmverschluss (Ileus) kommen. In diesem Fall ist ein operativer Eingriff angezeigt.

Häufig ist das Auftreten von Fisteln, die sich entweder durch die Haut nach außen oder in andere innere Organe (z.B. Blase, Scheide) entleeren können. Fistelgänge können aber auch blind im Gewebe enden und führen dann oft zur Ausbildung von eitrigen Gewebseinschmelzungen (Abszessen), die sich üblicherweise durch Fieber und Schmerzen bemerkbar machen. Auch in diesen Fällen ist meist eine Operation angezeigt.

Besonders häufig kommt es zu Abszessen und Fisteln im Bereich von Mastdarm (Rektum) und Anus. Sie sind sogar häufig die ersten Symptome, die im Rahmen eines Morbus Crohn auftreten. In seltenen Fällen kann es zu lebensbedrohlichen Blutungen, zu einem Darmdurchbruch (Perforation) oder zu einer Entzündung des Bauchfells (Peritonitis) kommen.

Im Rahmen von chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen können neben dem Magen-Darm-Trakt auch andere Organe krankhaft verändert sein. Im Wesentlichen handelt es sich dabei um Gelenksentzündungen und spezielle Haut- sowie Augenerkrankungen.

Zu diesen sog. extraintestinalen Manifestationen zählen:

Bei länger andauernden und schweren Schüben kann es zur Mangelernährung kommen (u.a. mit Eisen, Zink, den Vitaminen A, B12, D, E und K sowie Folsäure) und infolgedessen zu Gewichtsverlust bzw. Wachstumsstörungen sowie zu bestimmten Krankheitsbildern, etwa einer Blutarmut (Anämie).
Eine weitere Begleiterkrankung des Morbus Crohn stellen Gallensteine (Cholesterin-Steine) sowie Nierensteine (Oxalat-Steine) dar.

Das Risiko, an Dickdarm- oder Mastdarmkrebs (kolorektales Karzinom) zu erkranken, ist bei Morbus Crohn im Gegensatz zu Colitis ulcerosa gegenüber der Normalbevölkerung kaum erhöht. Bei langjährigem, schwerem Befall des Dickdarms steigt das Krebsrisiko jedoch an, weshalb in diesen Fällen regelmäßige Dickdarm-Untersuchungen (Koloskopie) angezeigt sind.