Bei milden Verläufen von Morbus Crohn heilen die Schübe durch medikamentöse Therapie oder auch spontan aus. Durch konsequente Einnahme der Präparate kann vorübergehend oder dauerhaft Beschwerdefreiheit bewirkt werden. Bei schwerem, durch Medikamente nicht oder nur ungenügend beeinflussbarem Verlauf oder im Fall von schweren Komplikationen kann ein chirurgischer Eingriff notwendig werden. Im Gegensatz zur Colitis ulcerosa kann allerdings bei Morbus Crohn durch Darm-Operationen keine Dauerheilung erwartet werden, weshalb man mit solchen Eingriffen im Falle eines Morbus Crohn sehr zurückhaltend ist.

Bis zu drei Viertel aller Crohn-Patienten benötigen im Laufe ihres Lebens allerdings doch eine Operation - zumeist wegen einer Fistel, eines Abszesses oder einer Engstelle im Darm. Auch bei diesen Eingriffen wird allerdings sehr zurückhaltend vorgegangen, da das Risiko eines neuerlichen Krankheitsschubes nach einer OP hoch ist. Zudem besteht oftmals die Notwendigkeit eine erneuten Eingriffs - wodurch man Gefahr läuft, nach und nach große Darmabschnitte zu verlieren.